物化特性數據計算

台灣藥物樣品資料庫(TDEC)提供純化合物小分子物化特性計算,主要物化特性項目分別為BASIC、STRUCTURAL、NAME、PKA、ISOELECTRIC_POINT、LOGP、LOGD、SOLUBILITY及GEOMETRY類別,其下有各種物化計算描述子,可進行小分子物化特徵描述計算。

物化特性數據計算

計算流程:

會員登載純化合物結構資料 (SMILES、2D結構及3D結構) 於TDEC資料庫並完成審核上線後,物化特性計算管理系統會將該結構的物化特性數值計算回傳並儲存於本資料庫中,待其它使用者查尋該筆化合物時,數據將會自資料庫中回傳於前端網頁供查尋使用。
計算物化數據可以協助藥物研發人員進行藥物開發可行性評估,例如:依據Lipinski's rule of five規格評估篩選類藥分子,作為新藥開發的參考數據。
TDEC網站的物化特性計算管理系統由下列子系統構成,其中物化計算核心技術由ChemAxon公司的Chemicalize產品技術支持[1],2D結構畫板核心技術則由ChemAxon公司的Marvin JS產品技術支持[2],3D結構視覺化圖形核心技術則由Jmol提供[3]。

詳細資料請參考: 物化特性計算及管理系統
 

參考資料:
[1]. Chemicalize was used for name to structure generation/prediction of compound's physical-chemical properties via physical-chemical calculator API, https://chemicalize.com/ developed by ChemAxon (http://www.chemaxon.com)
[2]. Marvin JS was used for drawing, displaying and characterizing chemical structures, substructures and reactions, Hosted Marvin JS (version 18.15.0), 2018 , ChemAxon (http://www.chemaxon.com)
[3]. Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D. http://www.jmol.org/